沸石吸附有机污染物的能力主要取决于有机分子的极性和大小。 含有极性基团的有机分子可以强烈地吸附在沸石表面上并且易于吸附。例如，具有官能团如-COOH，CO或NH2的有机物质可被沸石吸附而被部分除去。  
其他常见的有机污染物如苯酚，苯胺和氨基酸极性较大，分子直径适中，预计会被沸石吸附。研究人员采用固定床吸附柱法研究天然的影响。沸石对水中有色物质的去除。结果表明，天然沸石对自来水中的有色物质有明显的去除效果。